Il museo è organizzato all'interno dell'antica bottega ceramista dei Coccapani. La produzione di ceramica nel territorio di Calcinaia, iniziata alla fine del XVII secolo, ebbe ampia distribuzione anche a livello extra regionale. L'installazione di una manifattura ceramica data al 1696, quando i Certosini di Calci, che possedevano una fattoria a Motecchio, nei pressi di Calcinaia, decisero di affiancare alle fornaci di calcina e laterizi che lì possedevano dal XV secolo, una fornace per la produzione di vasi. Della fornace, rimasta attiva fin o al 1798, oggi non rimane che il toponimo che indica un casolare sotto Montecchio; negli ultimi decenni del XVIII l'attività fu impiantata là dove ancora adesso sono conservati i forni e gli spazi della bottega, negli edifici annessi alla torre d'angolo del castello duecentesco ("torre della fornace"), dove cioè la famiglia Coccapani (vasai di origine modenese) possedeva degli edifici. Qui i vasai continuarono la loro attività specializzandosi in" terraglie irdinarie di diverse qualità e di diverse terre", una produzione di ceramica di uso comune, ingobbata e invetriata, stante le testimonianze dell'uso di piombo e di stagno.
La famiglia Coccapani si occupò della fornace fino alla cessione dell'ultima rappresentante, Rosa Coccapani, all?Opera Cardinale Maffi, la quale lasciò la conduzione dell'attività alla famiglia Rovini, fino agli anni '60 del XX secolo. La presenza delle fornaci, vera e propria fonte materiale per lo studio della storia degli antichi mestieri, fanno del museo di Calcinaia un luogo unico e straordinario, dove si integrano elementi architettonici, strutture e materiali antichi.
La raccolta fondi Art Bonus ha avuto come oggetto l'acquisto di arredi per il museo della ceramica
